‌等保審批部門主要是公安機關‌。具體來說，已運營的第二級以上信息系統，應當在安全保護等級確定后30日內，由其運營、使用單位到所在地設區的市級以上公安機關辦理備案手續。隸屬于中央的在京單位，其跨省或者全國統一聯網運行并由主管部門統一定級的信息系統，由主管部門向公安部辦理備案手續。跨省或者全國統一聯網運行的信息系統在各地運行、應用的分支系統，應當向當地設區的市級以上公安機關備案‌